Kontroversi indulgensi yang diawali oleh 95 Tesis menjadi permulaan Reformasi Protestan, suatu perpecahan dalam Gereja Katolik Roma yang menimbulkan banyak perubahan sosial dan politik yang berkelanjutan di Eropa.[2] Luther kemudian menyatakan bahawa isu indulgensi relatif tidak signifikan dibandingkan dengan kontroversi-kontroversi yang dia masuki kelak, seperti perdebatannya dengan Erasmus tentang keterbelengguan kehendak.[68] Beliau juga menganggap bahawa kontroversi tersebut tidak sepenting terobosan intelektualnya mengenai Injil. Luther kemudian menuliskan bahawa pada masa seputar 95 Tesis dia tetap seorang "papis", dan dia tampaknya tidak berfikir bahawa 95 Tesis merepresentasikan suatu perpecahan dengan doktrin Katolik yang ada.[44] Namun, adalah kontroversi indulgensi yang menjadi sumber gerakan yang kelak disebut Reformasi Protestan, dan kontroversi itu mendorong Luther ke posisi kepemimpinan yang kelak dia pegang dalam gerakan tersebut.[68] 95 Tesis juga membuat jelas kalau Luther meyakini bahawa gereja tidak menyampaikan khotbah dengan benar dan bahawa hal ini menempatkan kaum awam dalam keadaan bahaya yang serius. Selain itu, 95 Tesis bertentangan dengan dekret Paus Klemens VI yang menyatakan bahawa indulgensi adalah harta kekayaan Gereja. Pengabaian wewenang kepausan tersebut menjadi pertanda terjadinya konflik-konflik di kemudian hari.[69]

31 Oktober 1517, hari Luther mengirimkan 95 Tesis kepada Albertus, diperingati sebagai permulaan Reformasi Protestan sejak 1527, saat Luther dan teman-temannya mengangkat segelas bir untuk memperingati "terinjak-injaknya indulgensi".[70] Di dalam Historia de vita et actis Lutheri karyanya tahun 1548, Philip Melanchthon mencantumkan pemasangan 95 Tesis dalam historiografi Reformasi Protestan sebagai permulaan gerakan tersebut. Pada Yubileum Reformasi 1617, peringatan seratus tahun 31 Oktober dirayakan dengan suatu prosesi menuju Gereja Wittenberg, tempat Luther diyakini memasang 95 Tesis. Saat itu dibuat sebuah ukiran yang menampilkan Luther sedang menuliskan 95 Tesis di pintu gereja tersebut dengan sebuah pena bulu raksasa. Pena bulu itu menembus kepala seekor singa yang melambangkan Paus Leo X.[71] Pada 1668, 31 Oktober ditetapkan sebagai Hari Reformasi, suatu perayaan tahunan di Elektorat Sachsen, yang menyebar ke wilayah Lutheran lainnya.[72]